19-05-2012
 
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Management du risque




Au sein de l’équipe Systèmes Communicants du laboratoire LACL (Laboratoire d’Algorithmique, Complexité et Logique) de l’Université Paris XII. Je suis encadré dans mes recherches par une personne que je respecte et j'apprécie beaucoup et que je remercie pour sa confiance Mr Fabrice Mourlin. Sous la direction d'Elizabeth Pelz, nous travaillons sur les spécifications et l'implémentation des systèmes mobiles.

Durant la première année, nous avons œuvré pour mettre en place un nouveau modèle de conception d’Agent mobile afin de régler certains problèmes liés à la mobilité, nous l'avons appliqué dans multiples domaines (collecte des données, surveillance de l'activité des GSM…). Depuis nous l'avons amélioré en intégrant la notion de communication entre agents pour qu'ils puissent travailler en communauté. Actuellement, nous essayons de l'appliquer en l'utilisant dans des domaines plus complexes afin de le valider.

 

IEEE
PrePrint: A GPU-Based Approach to Accelerate Computational Protein-DNA Docking

This paper presents a GPU-based high performance computing method for the protein-DNA docking problem. The protein-DNA docking algorithm in consideration integrates Monte-Carlo simulation and simulated annealing method. We investigate key factors that affect performance on a GPU cluster. These include the arrangement of the computation kernel and the balance between memory coalescing and path divergence. We also compared different Monte-Carlo schemes with respects to computation cost and prediction accuracy. With optimizations of these design options, our algorithm achieved 10.4 TFLOPS of sustained performance using 128 Tesla M2070 GPU cards, which represents 3.6x speed up over a traditional cluster with 1000...

Computing in Science and Engineering
 


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